グランドキャニオンの戦いから三週間、死んだと思われていた涼の幼なじみ・カツミは、グリーンの屋敷に住まわされていた。
グリーンは正体を隠し、涼をエグリゴリの魔の手から救うことを彼女に誓う。
一方、沈黙を守っていた涼たちは、エグリゴリに対し反撃に転じる。
李は涼たちの捕虜となっているティリングハースト博士から、エグリゴリの数々の謎を聞こうとする。
博士は情報と引き換えに、植物状態の武士の体を実験材料として使うことを要求する。
武士を救うためには博士に調べてもらうしかないと考えた涼は、その条件をのむ。
依然植物状態のまま、エグリゴリの中枢・アリスの世界に迷い込んだ武士は、そこで騎士（ナイト）と名乗る男と遭遇した。
騎士は「汝が勇気を持つ者なら、我とともに来たれ。
悪しき者たちの王、我が宿敵にして世界の破壊者、ジャバウォックを倒すために」と、武士に告げる。
アリスはアザゼルに施設から抜け出すベストポイントを聞き、実験体の少年たちを連れて脱走を試みる。
だが、その教えられた場所にはキースたちがいた。
「どうして自由にしてくれないの!? 私は私でいたい」と泣きながら訴えるアリスだったが…!?武士が依然として昏睡状態のなか、ティリングハースト博士からアリスの誕生と恐るべき計画を聞かされ、アリスの破壊を頼まれた涼たち。
そして、まずカツミの救出に乗り出す。
しかし、カツミはグリーンの屋敷で大ピンチに陥っていた。
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